保护区内有维管植物60科298属517种。其中蕨类植物有4科4属5种；裸子植物有1科1属1种；被子植物55科293属511种。国家Ⅱ级保护植物4种，即报春科的羽叶点地梅（Pomatosace filicula Maxim）、和罂粟科的红花绿绒蒿（ Meconopsis punicea）、 线虫草科虫草（Ophiocordyceps sinensis）， 菊科水母雪兔子(Saussurea medusa Maxim)。

红花绿绒蒿（ Meconopsis punicea）

水母雪兔子(Saussurea medusa Maxim)